O Ηλίας Περάκης έλαβε το δίπλωμα του Μηχανικού από τη σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου το 1986 και Διδακτορικό του δίπλωμα (Ph.D.) σε θεωρητική φυσική συμπυκνωμένης ύλης από το University of Illinois στην Urbana Champaign (ΗΠΑ) το 1992.
Απο το 1991 - 1995 ήταν μεταδιδακτορικός ερευνητής στα Bell Laboratories, New Jersey (ΗΠΑ), ενώ από το 1993 έως το 1995 ήταν μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Τμήμα Φυσικής του Rutgers University, New Jersey (ΗΠΑ). Το 1995 έγινε επίκουρος καθηγητής στο Τμήμα Φυσικής του Vanderbilt University στο Nashville, Tennessee (ΗΠΑ) και το 2002 αναπληρωτής καθηγητής. Το 2000 ήλθε ως αναπληρωτής καθηγητής στο Πανεπιστήμιο Κρήτης και εξελέγη στη βαθμίδα του καθηγητή το 2009. Διατέλεσε Πρόεδρος του Τμήματος Επιστήμης & Τεχνολογίας Υλικών κατά το ακαδημαϊκό έτος 2009-10. Το καλοκαίρι του 2015 έλαβε σε άδεια από το Πανεπιστήμιο Κρήτης, ώστε να εργασθεί ως καθηγητής και Πρόεδρος του Τμήματος Φυσικής στο University of Alabama - Birmingham (ΗΠΑ). Παραιτήθηκε από το Παν. Κρήτης το καλοκαίρι του 2019.
Θεωρητική φυσική συμπυκνωμένης ύλης, αλληλεπιδράσεις πολλών σωμάτων, ultrafast μη γραμμικά φαινόμενα, δυναμικά φαινόμενα σε νανοδομές
