Ο Ξενοφών Ζώτος απέκτησε το Πτυχίο Φυσικής από το Πανεπιστήμιο Αθηνών το 1976 και το διδακτορικό του σε Θεωρητική Φυσική Συμπυκνωμένης Ύλης από το University of Virginia (ΗΠΑ) το 1982. Το ακαδημαϊκό γενεαλογικό του δέντρο βρίσκεται εδώ.
Διετέλεσε μεταδιδακτορικός ερευνητής στο University of Southern California, Bell Labs (ΗΠΑ) από το 1982 έως το 1986 καθώς και ερευνητής στο Πανεπιστήμιο της Karlsruhe (Γερμανία) από το 1986 έως το 1991. Στη συνέχεια ήταν ερευνητής στο Federal Polytechnical School - Lausanne και University of Fribourg (Ελβετία) μέχρι το 2003 οπότε και εξελέγη καθηγητής στο Πανεπιστήμιο Κρήτης. Διατέλεσε Πρόεδρος του Τμήματος Φυσικής από το 2011 έως το 2015. Συνταξιοδοτήθηκε και εξελέγη ομότιμος καθηγητής του Τμηματος το 2022.
Θεωρία Συμπυκνωμένης Ύλης, Νανοηλεκτρονική, Αριθμητικές Προσομοιώσεις.